日本に生息しているしじみは、汽水域に生息する大和しじみ、淡水域に生息する真しじみ、そして瀬田しじみの3種類です。
ここ最近中国や台湾から淡水域に生息するタイワンしじみが国内で繁殖して、真しじみの生息を危うくしています。

しじみの貝殻の色は、黒っぽいものから黄色みを帯びたものまで様々です。
殻の成分の大半は、炭酸カルシウム(有機石灰)ですから、白っぽい灰色というのが通常の色となります。
しかし、この殻を作るのは、しじみが自身の体を保護するためであり、体内に取り込んだカルシウムを変化させて作りだしたものなのです。
生息環境により、鉄分が多かったり硫黄が多かったりすると、それに左右されて色合いが変化します。
鉄分が多い生息域では黒色に近くなり、鉄分が少ない生息域では硫黄の色素が多くなります。
殻は、外面と内面によって成分が異なり、外面はカルシウム、鉄、硫黄、ストロンチウム、ケイ素、ジルコニウムですが、内面は鉄と硫黄が含まれていません。

鉄分と硫黄分が多い汽水域や淡水域では、貝殻表面が鉄と硫黄の化合物である硫化鉄によって黒色になっているのです。
鉄分の少ない生息域ではカルシウムと硫黄の化合物である硫化カルシウムとなり、黄色く見えるのです。